Le droit protège toutes convictions religieuses et n’établit pas de distinction entre les différents cultes ou croyances. Le juge ou l’administrateur ne portent aucun jugement de valeur sur les croyances individuelles ou collectives. Ils regardent équanimement comme un culte ou comme une religion toute pratique ou tout rite qui rassemble des fidèles autour d’une même croyance dans une divinité ou une puissance surnaturelle.
Plus précisément, le droit public protège et organise les libertés individuelles et les libertés publiques. La liberté religieuse est d'abord la liberté pour un individu d'adhérer à l'Eglise de son choix, d'en suivre les dogmes et la discipline. Alors, se bousculent sous la plume les libertés de cons¬cience, d'opinion, de religion, de pensée, de croyance, de culte ; il convient d'ajouter à cette liste les libertés d'expression, de réunion, d'association sans la reconnaissance desquelles les premières reste¬raient abstraites, impraticables, formelles : le pouvoir ne peut se flatter de reconnaître aux citoyens une liberté s'il ne s'inquiète en même temps des moyens juridiques et matériels de son exercice effectif : ainsi, en proclamant la liberté de culte le législateur de 1905 laisse l'affectation aux Eglises des biens et édifices (moyens matériels) sans lesquels cette liberté serait privée de contenu ; il définit également le statut des associations cultuelles (moyens juridiques). S'il interdit à tout organisme public de subventionner ces nouvelles institutions, il prévoit le maintien de ressources pour les autorités religieuses (produits des quêtes, dons, legs, etc.).
La seule limite admise à la liberté est tirée des nécessités de l'ordre public. Les autorités civiles ont donc pour missions antino¬miques de favoriser l'exercice des libertés et de protéger l'ordre public. Elles ont à réaliser des arbitrages délicats
La conception contemporaine, également d'inspiration libérale exige d'avantage de l'Etat. Il lui faut répondre aux demandes, voire aux exigences des Eglises ou des cultes. Les réponses don¬nées doivent alors être impartiales ; l'Etat est chargé d'assurer l'égalité de tous les cultes. Il faut alors définir ce qu'est un culte, établir la ligne de partage entre une Eglise et une secte. Les religions traditionnellement implantées en France bénéficiant d'un statut juridique issu de la loi du 9 décembre 1905 les nouvelles religions cherchent à se placer sous la protection du dit statut. L’Etat, même laïque, ne peut ignorer les phénomènes religieux. La laïcité ne peut pas conduire les pouvoirs publics au désintérêt. En effet dès lors que leur mission est non pas seulement de reconnaître une liberté mais d'en per¬mettre l'exercice ils se doivent d'intervenir, c'est ainsi que la laïcité est un principe d'action des pouvoirs publics.
Depuis 1905 il revient aux autorités de l'Etat, d'une part, des Eglises d'autre part de prendre les mesures nécessaires pour assurer au quotidien le respect de la liberté cultuelle et du bon ordre public. Le juge administratif, juge de la légalité des actes administratifs, intervint pour censurer les décisions prises par les maires et les préfets en méconnaissance de ces lois, soit que ces autorités se montrassent exagérément laïques, soit au contraire qu'elles cherchassent à contourner les textes en faveur des Eglises. L'intérêt, en effet, et la passion, plus que le bon droit, inspirent parfois les acteurs.
L'ordre public implique la sécurité publique et le respect de règles d'hygiène. Aussi le préfet de police de Paris peut-il interdire au public l'accès des locaux à usage cultuel situé au fond d'un passage en partie voûté dont la largeur ne permet pas la mise en service des moyens de secours et de lutte contre l'incendie. Il ne peut interdire les abattages rituels pratiqués dans des conditions sanitaires convenables.
D'une manière générale la jurisprudence administrative n'est pas favorable aux sectes ou aux nouvelles religions
La méfiance du juge à l'égard des associations schismatiques se révèle dès les premières applications des dispositions de la loi de 1905. Elle se perpétue à l’encontre des associations plus contemporaines comme celles regroupant les catholiques traditionalistes. Seules sont reconnues comme cultuelles les associations assurant l’exercice du culte conformément aux dogmes, à la doctrine religieuses et à la discipline de ce culte et se conformant aux règles générales du culte telles qu’elles existent en France – ce qui, s’agissant du culte catholique, implique l’obéissance au pape.
Le refus de l'assimilation des sectes, lesquelles ne dédaignent pas les activités lucratives, aux Eglises tradition¬nelles se manifeste lors de l'autorisation d'accepter un legs ou une libéralité ou de bénéficier des avantages fiscaux réservés aux associations qui ont «exclusivement pour objet l'exercice d'un culte».
Le principe de neutralité s’impose aux bâtiments et aux agents publics. En 1999 encore il a fallu rappeler que l'apposition de symbole religieux (par exemple un crucifix) dans la salle des mariages d’une mairie est contraire aux dispositions de la loi du 9 décembre 1905.
S'agissant des fonctionnaires la mise en œuvre du principe de laïcité n'a pas été sans tâtonnements. Petit à petit cependant l'obligation de réserve s'est imposée. Certes le principe de liberté de conscience bénéficie à tous les agents publics ; toutefois, le principe de laïcité de la République a pour corollaire nécessaire le principe de neutralité des services publics, il fait obstacle à ce que les agents publics disposent, dans le cadre du service public, du droit de manifester leurs croyances religieuses ; cette exigence de nature constitutionnelle est commandée par la nécessité de protéger les droits des usagers des services publics. La méconnaissance de cette exigence professionnelle est sanctionnée disciplinairement. Les fonctionnaires doivent donc s’interdire de prendre partie sur l’interprétation des pratiques ou commandements religieux ou de manifester leurs opinions, même par le port d’un signe discret.
S'agissant de la scolarité, le principe de la laïcité de l'enseignement public est l'un des éléments de la laïcité de l'Etat et de la neutralité de l'ensemble des services publics. Trois points sont développés :
1° Le contenu des enseignements :
Ce principe impose que l'enseignement soit dispensé, dans le respect :
Cette double contrainte est dominée par les impératifs de l’intérêt général. Aussi est-il possible d’apporter aux élèves une information sur la contraception, notamment dans un but de santé publique.
2° L’obligation d’assiduité
L'obligation d'assiduité définie par l’article L511-1 du Code de l’éducation consiste, pour les élèves, à se soumettre aux horaires d'enseignement définis par l'emploi du temps de l'établissement. Pourtant les élèves peuvent bénéficier individuellement des autorisations d'absence nécessaires à l'exercice d'un culte ou à la célébration d'une fête religieuse sous la double condition que ces absences soient compatibles avec l'accomplissement des tâches inhérentes à leurs études et avec le respect de l'ordre public dans l'établissement.
3° La tenue vestimentaire
Avant 2000 le Conseil d’Etat avait reconnu aux règlements intérieurs des lycées la faculté d'exiger des élèves le port de tenues compatibles avec le bon déroulement des cours.
Le 20 septembre 2000, le ministère de l’Éducation a publié une circulaire qui réglementait le port des signes religieux à l’école. Ce texte qui interdisait le port de «signes ostentatoires» sera à l’origine de nombreux cas d’exclusion de jeunes filles voilées, dont certaines seront annulées par la justice administrative. Puis la loi du 15 mars 2004 introduit dans le code de l’éducation un article L.141-5-1 qui dispose : « Dans les écoles, les collèges et les lycées publics, le port de signes ou tenues par lesquels les élèves manifestent ostensiblement une appartenance religieuse est interdit.
Le règlement intérieur rappelle que la mise en oeuvre d'une procédure disciplinaire est précédée d'un dialogue avec l'élève. »
La précision « Dans les écoles, les collèges et les lycées publics » signifie que ce texte n’est pas applicable dans les universités.