Les défaillances de l’Etat dans l’exercice du contrôle de légalité peut entraîner la responsabilité de la puissance publique, voire celle de ses agents. Il faut distinguer la responsabilité administrative de la responsabilité pénale.

La responsabilité administrative

La responsabilité de l'Etat peut être recherchée du fait des carences dans l'exercice du contrôle de légalité. . La Cour administrative d'appel de Marseille a d'abord jugé que l'abstention prolongée du préfet de ne pas déférer au tribunal administratif des décisions importantes et aux illégalités aisément décelables constitue une faute de nature à engager la responsabilité de l'Etat :  C.A.A Marseille, 21 janvier 1999, Ministre de l'Intérieur c/ Commune de Saint-Florent et autres, req. n° 97MA05173.

Cette jurisprudence a été confirmée par le Conseil d'Etat qui trouve le fondement de la responsabilité dans la faute lourde commise par le service :
- C.E. 6 octobre 2000, ministre de l'intérieur c/ commune de Saint Florent et autres, n°205959, L.

Cette jurisprudence ouvre la possibilité d'engager la responsabilité de l'Etat en cas de faute lourde dans l'exercice du contrôle de légalité.

La responsabilité pénale

La législation relative à la responsabilité pénale des personnes morales a exclut de ses prévisions l’Etat. Les fonctionnaires peuvent cependant voir leur responsabilité pénale recherchée dans certaines circonstances.

En matière de marchés publics, les défaillances des services de l’Etat dans l'exercice du contrôle de légalité n’entraînent pas la responsabilité pénale des agents notamment au regard de l’art.432-14 code pénal qui défini le délit d’octroi d’un avantage injustifié.

Les responsables du contrôle de légalité des actes des collectivités locales, ne peuvent être retenus sur le fondement du délit, leur intervention étant postérieure à la conclusion de la convention. En effet, dans cette occurrence, le marché est exécutoire après sa notification. Le seul fait, pour l’autorité préfectorale, de ne pas l’avoir déféré devant les juridictions administratives ne peut non plus induire la complicité qui exige un acte positif, antérieur ou concomitant au délit.

Il n'est pas certain que ne serait pas recherchée la responsabilité pénale des agents de l'Etat qui n'auraient pas poursuivi l'annulation d'une autorisation d'occupation et d'utilisation du sol dans une zone à risque en cas de réalisation de ce risque.

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